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天昊生物微生物多样性测序分析云平台操作指南

发稿时间:2018-10-11来源:天昊生物

天昊生物微生物多样性测序分析云平台操作指南

 

天昊生物微生物云平台GS-Online是由上海天昊生物构建,致力于为微生物多样性测序客户提供简单、快速的可视化分析,目前天昊生物微生物云平台GS-Online已覆盖微生物文章常用图表,共包含26项分析内容,客户可以根据根据自己的科研需求,自由分组,自由添加和修改。下面就给大家介绍一下云平台操作流程,真正做到生信分析求人不如求己。

 

 

使用指南

 

1 登录

打开浏览器,输入网址:http://cloud.geneskybiotech.com/ ,转到天昊生物微生物云平台GS-Online首页,在登录页面填写账户名和密码。

1、输入文件的位置

1OTU Table文件和Fasta Tre文件可以在数据结果的OTU文件夹中找到(如果您已经在我们公司做过相关项目并已获得项目数据的话);env.xls文件和 sample.groups 文件一般在结果数据的最外层目录中。

2OTU Table文件

1)在OTU Table文件的第一行中,从第二列到“OTUsize”之前,表示的是样本名。

2OTU Table中的每一行的数据之间,以t(即制表符“Tab”)分隔。

3OTU Table中的样本名必须与sample.groups 文件中的样本名一一对应。

4OTU Table文件可以用Excel和文本文档打开。

5)如果想重新分析,只是更改了分组,OTU Table文件不做任何处理。

6)如果在OTU Table文件基础上需要删除某些样品,后面的sample.group文件也要删除对应样品。

7)如果要删除某些OTUId,直接去除对应的行就可以。

8)文件另存为文本可读的xls格式,不要另存为非文本可读的xlsx格式。

9)最后另存为的文件能用文本文档打开且不乱码即可。

3sample.groups 文件

1sample.groups 文件由2列组成,第一列是样本名(与OTU Table文件中的样本名一一对应),第二列是分组。如下图,第一列和上图OTU Table中的样本名相同,第二列分为ABC三组。123A组,456B组,789C组。三组对比分析。

2sample.groups中的每一行的数据之间,以t(即制表符“Tab”)分隔。

3sample.groups文件可以用Excel和文本文档打开。

4)如果想重新分组或重新命名组名,请打开OTU Table文件(subsample_otu.tax.0.03.xls文件),复制OTU表格中的样品名称,新建sheet表格,在sheet表格单元格A1中:点击右键-选择性粘贴-转置; 在B列中输入对应的组名; 点击另存为,保存为文本文件(制表符分隔)点击“确定”,点击“是”,最后另存为的文件能用文本文档打开且不乱码即可。








5)如果想重新分组或重新命名组名,请打开OTU Table文件(subsample_otu.tax.0.03.xls文件),复制OTU表格中的样品名称,新建sheet表格,在sheet表格单元格A1中:点击右键-选择性粘贴-转置; 在B列中输入对应的组名; 点击另存为,保存为文本文件(制表符分隔)点击“确定”,点击“是”,最后另存为的文件能用文本文档打开且不乱码即可。

 

4ENV文件

1env.xls文件的第一行是环境因子,第一列是样本。

2env.xls文件第一列的样本名必须和OTU Table文件、sample.groups 文件相同。

3env.xls文件中的每一行的数据之间,以t(即制表符“Tab”)分隔。

4env.xls文件可以用Excel和文本文档打开。

5)文件另存为文本可读的xls格式,不要另存为非文本可读的xlsx格式。

6)最后另存为的文件能用文本文档打开且不乱码即可。

 

3 新建项目

1、登录成功之后,进入网站“我的项目”页面:

 

2、点击“新建项目”,弹出新建项目弹框:

 

3、在新建项目弹框里输入“项目名称”,点击“新建项目”按钮:

 

4、页面刷新,表格中显示新建项目,点击项目名,进入项目:

 

4 运行分析

1、点击“新建分析”按钮,弹出“新建分析”弹框:

 

2、在分析名输入框中填入分析名:

 

3、根据提示点击“输入文件”下面的按钮,选择要输入的文件

4、如上述操作,可以选择你需要的其他文件(OTU Table文件、Groups Table文件和Fasta Tre文件是必须的,其他文件可以根据你需要的分析结果来输入)。

注:根据按钮上方的提示,选择不同的输入文件,可以完成不同的分析。如果你不了解要输入的文件,可以点击这四个按钮右边的蓝色字体的示例文件,下载示例文件查看。如果点击下载失败,可以右键单击蓝色字体的示例,再点击“目标另存为”,把文件存到本地。

5、分析名和输入文件设置好了之后,点击“运行”按钮运行该分析即可:

6、点击分析名,可以查看该分析的运行状态。如果分析正在运行中,弹框中会显示旋转图标,然后显示分析运行状态:

7、如果分析运行结束,则会显示分析结果目录链接:

注:如果分析运行较慢,可以先关闭弹窗,进行其他操作,待想查看分析运行状态再点击分析名查看。

8、分析运行结束,点击分析结果链接,可以查看项目报告:

 

 

 

 

 

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